Prison Break вам предстоит управлять человеком по имени Том Пэкстон. Он является агентом так называемой "Компании" - организации, которая подставила Линкольна. Его отправляют в тюрьму для того, чтобы выяснить, зачем Майкл Скофилд попытался ограбить банк. Герою предстоит столкнуться с некоторыми персонажами, которые фигурировали в телесериале, а так же исследовать территорию тюрьмы "Фокс Ривер" и сразиться с противниками.

Главный герой — человек со среднестатистическими параметрами: жена, двое детей, скромная работа, скромная зарплата. В Сергее Неделине нет ничего необычного, кроме одного странного увлечения: любит бродить по вечерним улицам, заглядывать в окна, витрины. Везде бурлит жизнь, и только его существование кажется ему бедным и убогим.